Systeme sind nicht als statische Entitäten zu verstehen, sondern als Prozesse. Ein System ist von dynamischer Stabilität, es ist gewissermassen sein eigenes Tun, welches nur von ihm und sonst niemandem ausgeführt wird. Dieses Tun (d.h. das System) kann beobachtet werden, wobei neben der Fremdbeobachtung durch ein anderes System vor allem die Selbstbeobachtung hervorgehoben werden muss. Sie ermöglicht dem System, sich selber von der es umgebenden Umwelt abzugrenzen und eine eigene Identität zu konstituieren. Dies geschieht in Form eines re-entry der Unterscheidung in die Unterscheidung, indem das System die Grenze zwischen sich und der Umwelt (die ja eigentlich nur von aussen, von einem Beobachter wahrgenommen werden kann) in sich selber hineinkopiert, somit beobachten kann und für seine Zwecke bearbeitbar macht.
Die Systemtheorie unterscheidet verschiedene Systemtypen, wobei der Mensch nicht als Sonderform von Existenz begriffen wird, die innerhalb der Natur steht, diese aber auch gleichzeitig wie von aussen fassen (oder: beobachten) und beschreiben kann. Vielmehr ist er selber auch nichts anderes als Natur, setzt sich dabei aus unterschiedlichen Systemen zusammen (biologisches System, psychisches System, soziales System), die - da autopoietisch organisiert und beobachtungsfähig - je für sich ihre eigene Identität und gleichzeitig auch noch die für sie relevante (Um-)Welt generieren. Damit wird die beschränkte und beschränkende Selbstbeziehung auf das Subjekt Mensch aufgegeben, was im Sinne Luhmanns als Voraussetzung dafür angesehen werden muss, um Systemzusammenhänge höherer Ordnung angemessen angehen und erklären zu können. Untereinander sind sie via strukturelle Kopplung verbunden. Gemeinsam ist diesen drei Systemtypen, dass sie alle zur Beobachtung befähigt sind, das heisst, sie sind in der Lage, durch Selbstbeobachtung die eigenen Systemgrenzen zu erkennen und ihre Operationen nach der internen Leitdifferenz so zu steuern, dass diese Systemgrenzen aufrechterhalten werden. Unterschiede liegen in ihrer Operationsweise.